かつてこの地には、利修仙人が鳳来寺山の杉を以って彫像したという薬師如来と、行基菩薩が彫刻したとされる阿弥陀如来の二木像が祀られた堂宇があり、真言宗の寺として、醫王寺は開かれたと伝わる。
永正11年(1515年)
開山 克補契嶷(こくほかいぎょく)大和尚、二世琴室契音(きんしつかいおん)大和尚により、さびれた堂宇を改築し曹洞宗の寺として新たな歴史を刻む事となり、現在に至る。
天正3年(1575年)
この年に勃発した長篠の合戦の折には、甲斐の武将 武田勝頼公が醫王寺にて本陣を張る。
武田勝頼公本陣跡の碑(昭和12年建設)
戦国武将の霊牌 武田勝頼公
現在の醫王寺
明治39年(1906年)失火により伽藍が全焼、大正13年(1924年)に本堂が再建され現在に至る。
現在の醫王寺